沖繩國際大學將建設以服務於地域的大學作為其目標之一。因此，沖繩國際大學綜合研究機構的 4 個研究所將對「沖繩」這一地方以地理和社會的各種現象進行研究，並將其研究成果提供給該地域居民。除此以外，還在校內外舉辦面向地域縣民的市民講座，從而要創造出一所真正紮根於地域的大學。

南島文化研究所

　　南島文化研究所成立於 1978 年 4 月，該研究所從事跨學科的聯合研究。本研究所旨在為以琉球弧群島為研究對象，其學術研究的發展做出貢獻。每年從奄美群島、沖繩群島、宮古群島、八重山群島中選出其一個特定地域進行綜合調查。同時，赴中國福建省、台灣及韓國，嘗試將琉球文化與這些地域的文化做出比較研究，保持該地區的研究人員進行交流。另外，還致力於收集珍貴的文獻資料並整理儲存，以供學生及地區市民使用。

　　本研究所匯總期刊《南島文化》及上述綜合調查的成果，每年都發行報告書。另外，還與當地報社合作，在那霸市、宜野灣市、石垣市、沖繩市、西原町等地舉辦南島文化市民講座。此外，還帶領學生走訪縣內各地，學習當地的歷史、文化、自然、地理環境等。除此之外，本研究所還持續開展島嶼研究會、南島文化研究所研討會、調查成果報告會等研究及報告活動。

產業綜合研究所

　　產業綜合研究所成立於 1991 年 4 月，旨在從國際性、綜合性的角度從事產業相關的理論與實證研究，從而為學術振興與產業社會的發展做出貢獻。除本所研究人員（本校教員）外，還聘請委託產業經濟界、行政機關以及國內外的大學、研究所等的眾多專家擔任特任研究員。在展望具有地理、歷史及文化特徵的沖繩縣的產業經濟獨立發展的同時，跨地域廣泛地建立起產業、政府及學術界的多種研究人員和資訊網路，為跨國際推進學術聯合研究而做努力。本研究所是沖繩地域唯一的一個從事綜合產業研究的機構，在為肩負著其獨特目的和重任而自豪的同時，今後還將公開召集更多研究人員加入我們的研究隊伍，共同通過進行跨學科的聯合研究，而成為能夠為地域產業社會的振興做出貢獻的研究所。

沖繩法政研究所

　　沖繩法政研究所作為研究法律和政治領域中各類問題的場所而成立。雖說，自從回歸「本土」以來已經過了40年之久，但需要解決沖繩在各個方面還存在著的，在「本土」各縣所沒有的可稱為「戰爭後遺症」遺留的大量問題。例如，血緣社會上所特有的門中制度、起因於戰後美國統治的國籍問題、圍繞國際養子結親及釣魚島歸屬的問題等。沖繩於日本「本土」相比，具有歷史、地理及文化上的特殊性，由此導致了各種問題。本研究所的目的在於將學術研究聚焦於由這些外因和內因而產生的法律和政治上的各類問題，並對其問題提出一定的建議。具體活動項目就是開展學術研討會、演講會及研究會等，其中一部分的內容刊載於期刊《沖繩法政研究》及《所報》中。另外，本研究所還免費提供法律諮詢，並接受學生們關於法律糾紛的諮詢。

沖繩經濟環境研究所

　　沖繩經濟環境研究所成立於2009年4月。從國際性、跨學科的立場出發，將研究範圍限在沖繩這一島嶼地域，開展經濟及環境相關的聯合研究。力求發展學術研究的同時，將研究成果提供給地域居民。回歸後至今已有40年的歷史了，經歷過一個世代的時間後，沖繩積累了各種技術經驗。特別值得一提的是，回歸後觀光及觀光產業等作為戰略產業，一直肩負著經濟上的重大的責任。但是，沖繩與本土的經濟差距及高失業率的問題仍未消除，而且大規模的地域開發引起了環境破壞及地球環境問題，作為島嶼的不利性帶來的問題，此外，還有美軍基地存在所帶來的不利問題等，重重問題都有待解決。換言而之，目前需要兼顧自然環境保護與經濟發展，即需要建立起可持續性發展的社會。本研究所為了建立起產業、政府機關及學術界之間的網路，從而為地域社會做出更廣泛的貢獻，為此舉辦學術研討會、演講會及研究會等工作。